Mademoiselle C. est une femme étrange qui parle aux cailloux comme s'ils étaient vivants. Elle est appelée comme remplaçante pour enseigner à des jeunes pré-adolescents et rapidement, ses méthodes pédagogiques peu orthodoxes provoquent une véritable révolution dans l'école, au grand plaisir des enfants, et au désespoir du directeur. Avec la complicité des élèves, Mademoiselle C. transforme l'annexe-entrepôt de l'école en bibliothèque de rêve pour les jeunes. Le plus étonnant, c'est que lorsque Mademoiselle C. pénètre dans l'univers d'un livre, elle bascule dans l'histoire et y reste prisonnière si les enfants ne trouvent pas le moyen de la secourir... La Mystérieuse Mademoiselle C. fait l'éloge de la différence et clame le droit de chacun d'être unique. C'est aussi un film sur le bonheur de lire et le pouvoir de l'imaginaire.